《仁心解码2》讲述了仁和医院高级精神科医生高立仁（方中信饰）在婚礼前痛失未婚妻莫敏儿（徐子珊饰），陷入悲痛之中，甚至辞去工作。然而，医院接收了一名涉嫌强奸案的精神分裂患者，高立仁误打误撞帮助了博安医院法医精神科医生梁启荣（萧正楠饰），两人建立了亦师亦友的关系。在老友连志森（蒋志光饰）的劝说下，高立仁决定重拾工作，前往博安医院任职。在一次同学聚会中，夜总会发生命案，高立仁结识了警方卧底林颂恩（杨怡饰），并在工作中逐渐与顾问医生卓慧翘（蒙嘉慧饰）成为朋友。与此同时，连志森与梁启荣也陷入了暧昧不清的情爱关系。故事围绕精神科医生与警方合作处理精神病案及相关案件展开，展现了人性的复杂与情感的纠葛。