在《假面骑士创骑 新世界 假面骑士克罗兹》的故事中，战兔成功重塑世界后，除他和龙我外，所有人关于假面骑士与天空之壁的记忆都被抹去。然而危机再度降临——白色潘多拉金属板中突然出现神秘外星生命体，它操控龙我重启潘多拉魔盒，企图毁灭整个宇宙。令人意外的是，拯救世界的重任竟落在宿敌龙我与埃伯尔特肩上。两人被迫联手对抗外星威胁，在找回记忆碎片的过程中，揭开了创骑世界背后更深层的秘密。故事通过三个篇章展开：序章回溯战兔获得力量的起点，第二章补完TV版第21话的隐藏剧情，最终章则聚焦第22话未呈现的真相，呈现跨越时空的终极决战。