《蔷薇少女 新系列》讲述了一位名叫纯的大学生，过着近乎家里蹲的生活，除了上课和打工外，几乎没有社交活动。某天，他在打工的店里收到了一本被退回的神秘杂志，内容是关于如何制作人偶。回到家后，他意外收到了杂志的第二期和附赠的人偶零件，并得知只要集齐这些零件，就能组装出第五人偶真红。纯被这一神秘邀请吸引，决定开始组装零件。随着他一步步完成组装，真红逐渐苏醒，并揭示了一个关于蔷薇少女的古老秘密。纯被卷入了一场超越现实的奇幻冒险，与真红及其他蔷薇少女共同面对未知的挑战。故事充满了魔幻色彩，展现了人与偶之间的羁绊与成长。