《穿越时间线 第二季》延续了时间旅行小队对抗神秘组织里顿豪斯的惊险旅程。露西、怀亚特和鲁弗斯驾驶时光机"生命之舟"穿越不同历史节点，从1692年塞勒姆审巫案到1941年珍珠港事件，试图阻止里顿豪斯改写历史的阴谋。本季最大转折是露西发现自己的家族竟与里顿豪斯有百年渊源。小队结识了包括计算机先驱格蕾丝·霍珀在内的历史人物，同时面临更复杂的时间悖论。当团队内部出现信任危机时，一位意想不到的盟友——露西的姐姐艾米加入行动。随着对时间线干预的加深，队员们逐渐意识到每次穿越都在重塑他们自身的现实，而最大的威胁可能就藏在最亲密的同伴之中。