在京都舞鹤湾的晨雾中，发现了一艘可疑船只。船上残留的数据和零件证实并非日本制造，引发全国紧张。与此同时，美国海军宙斯盾舰"雾岛"号抵达日本海域，船上搭载着神秘的武器系统。柯南、小兰和少年侦探团受邀参观该舰，却意外卷入一场国际阴谋。船上发生杀人事件，而凶手的目标似乎与日本国家安全息息相关。柯南必须在有限的时间内解开谜团，阻止一场可能引发战争的危机。随着调查深入，他发现这起事件与多年前一起海上自卫队机密任务有关。在波涛汹涌的海上，柯南与伙伴们面临着前所未有的挑战，必须在军舰这个封闭空间内找出真凶，同时阻止敌方间谍窃取军事机密。