《四月一日灵异事件簿 第二季》延续了第一季的奇幻治愈风格，讲述了能看见妖怪的少年四月一日君寻继续在魔女壹原侑子的店内打工的故事。侑子的店能够实现任何愿望，但代价必须与愿望对等。四月一日为了摆脱看见妖怪的困扰，答应侑子的条件，留在店内工作。在第二季中，四月一日遇到了更多奇异的事件和人物，每件事背后都隐藏着深刻的情感与哲理。随着故事的展开，四月一日逐渐理解到，妖怪与人类的世界并非完全隔绝，而他所经历的每一件事都在帮助他成长。与此同时，他与侑子及其他角色的关系也变得更加复杂，揭示了更多关于命运与选择的思考。