《妈妈咪鸭》讲述了雁群南迁途中，“最棒飞行家”大鹏因桀骜不驯，在与女友晶晶调情时意外撞散了一群赶路的小鸭子。不服管教的大鹏决定单飞，却不得不与两只落单的小鸭子淘淘、憇憇组成“临时父子档”，踏上了一段乌龙百出的寻亲与南迁之旅。他们一路上经历了惊险、刺激又有趣的冒险，穿越壮美的梯田，攀爬冷峻的山脉，遇到了好心收留他们的母鸡、妻管严的公鸡、搭乘春运卡车的猪群，以及半瓶子中医技能的松鼠。途中，他们还要时刻防备想吃掉他们的恶猫，甚至险些成为“盘中烤鸭”。随着旅程的推进，大鹏与淘淘姐弟的命运紧密相连，孤傲的大鹏也逐渐学会了责任与耐心。最终，焕然一新的大鹏赢得了女友晶晶的原谅，并与两只小鸭子组成了一个充满爱意的小家庭。