《密谍伙伴 第二季》延续了二战时期盟军特工小组在纳粹占领下的法国的危险行动。本季开场便陷入危机：团队损失了两名核心成员，与X营地的通讯中断，汤姆中弹负伤，仅剩奥罗拉、尼尔和哈利面对阿尔弗雷德被盖世太保俘虏的困境。奥罗拉因阿尔弗雷德的被捕而精神受创，哈利自责因失误暴露了整个小组，尼尔则因被迫杀死德国友人而陷入道德煎熬。随着盖世太保的追捕网越收越紧，小队必须重整旗鼓，在巴黎地下抵抗组织的帮助下营救阿尔弗雷德。新加入的双面间谍玛德琳带来关键情报，却也使小组陷入更复杂的信任危机。当小队发现纳粹正在秘密研发新型导弹时，他们必须在个人情感与任务使命间作出抉择，用更大胆的破坏行动扭转战局。