《四十九日·祭》讲述了1937年南京大屠杀期间，一群普通人在南京城中的生死挣扎。日本军队攻入南京后，奉命掩埋中国死难士兵和战俘的尸体。与此同时，市中心的圣马德伦教堂成为了一群女学生和秦淮河女子的避难所。随着更多男人因各种原因进入教堂，教堂成为了日军的目标，围墙外的日军不断寻找借口进入教堂，试图掩盖他们的罪行。国际安全区的组织者多次尝试解救被困人员，但均告失败。教堂中的男人们为了保护藏在教堂阁楼和地窖中的女人，最终献出了自己的生命。女人们则选择了有尊严地死去或进行最壮烈的抵抗。在这四十九个日夜里，他们在求生、抵抗、毁灭和复活中缔结了爱情、亲情和友情，懦弱者变成了勇士，迷失者找到了方向，虚无者得到了收获，有罪者完成了救赎。