由于时劫者介入历史，世界被AI机械人Humagear所支配。飞电或人从荒废的世界中醒来，发现自己的社长之位以及幪面超人ZEROONE的力量，已被Humagear的威尔及另类ZEROONE夺走。为了夺回原本的世界，或人与恢复有关幪面超人记忆的常磐庄吾一同前往12年前所有事情开始的那一天。然而，出现在或人面前的竟是原本因卷入12年前的「破晓事件」而死亡的父亲飞电其雄，而他更可变身成幪面超人1型。父子二人面对各自对未来的不同信念，展开了激烈的碰撞。他们能否携手改变未来，还是注定走向对立？这场跨越时空的战斗将决定人类的命运。