《名侦探柯南剧场版 沉默的15分钟》讲述了东京东都线地铁开通当日，一起针对东京都知事朝仓优一郎的炸弹袭击事件爆发，导致东都线列车严重受损。经过一番推理，江户川柯南等人认定这次事件与八年前朝仓优一郎主持负责的北之泽水坝修建有关。当年为了修建大坝，朝仓动员北之泽村的人民搬入新村，但仍有许多人反抗到最后阶段不愿搬迁。为了探明事情的真相，柯南与少年侦探团前往北之泽村展开调查。在调查过程中，他们发现了一系列隐藏的线索，并与村民们共同揭开了事件的真相。与此同时，柯南必须在短短15分钟内阻止一场更大的灾难，拯救无辜的生命。