《反恐疑云》讲述了一个关于家庭与政治冲突的故事。伊莎贝拉的丈夫安瓦尔·艾布拉汉姆是一名埃及裔化工工程师，他在南非工作结束后返回美国，却在机场被警方无端扣押，自此消失无踪。伊莎贝拉不相信丈夫会无故失踪，于是求助前男友艾伦，一位CIA探员，希望能找到丈夫的下落。经过调查，他们发现安瓦尔被CIA绑架，怀疑他与恐怖活动有关。CIA高层惠特曼授意通过“非常规引渡”将安瓦尔秘密引渡至开罗，并在秘密审讯室中对他进行严刑拷打。无辜的安瓦尔遭受了惨无人道的虐待，伊莎贝拉则陷入了绝望与无助。影片通过这对夫妻的遭遇，揭示了“9·11”事件后美国政府为打击恐怖主义而实施的模糊政策，以及对无辜个体的伤害。安瓦尔能否活着走出审讯室，伊莎贝拉能否再次见到丈夫，成为了故事的核心悬念。