《沉底鳄》讲述了干探雷大勇因与上司沈Sir不和而屡遭排挤，但与高级督察叶振强关系密切。十年前被诬陷贩毒而入狱的探员张启华出狱后，发现母亲已逝，决心向当年陷害他的警队败类复仇。他先后杀死仇人之一朱志强，并将下一个目标锁定为雷大勇。一晚，大勇与振强在夜店与一富家子发生冲突后，富家子竟遭杀害，大勇成为头号嫌疑犯被捕。他从警署逃脱后，在振强的误导下，误以为一切都是启华为复仇所为，二人因此激烈冲突。振强赶到后说出真相：真凶正是沈Sir。原来沈Sir为掩盖罪行、铲除异己，策划了这场嫁祸阴谋。沈Sir发现事情败露，决心将大勇与启华灭口。双方展开连番追逐与最终决战。在一场激烈的枪战中，启华虽成功击毙沈Sir，自己却被沈Sir垂死反击射杀。沉冤得雪的大勇，目睹了同僚的牺牲与黑警的覆灭，在沉重的胜利中，警队的“沉底鳄”终被铲除，但代价却无比惨痛。