1942年，抗日战争进入艰苦的僵持阶段。侵华日军总司令冈村宁次意外获知重庆郊外的华岩寺藏有一件镇寺之宝《贝叶金经》，其中隐藏着可以轻易消灭国民党中央政府的秘密。为此，冈村宁次制定了代号“阿波罗”的计划，并派遣日军最精锐的特工小组“樱花小组”潜入重庆，企图盗取《贝叶金经》。与此同时，国民党军统局局长戴笠截获日军密电，预感到一场风暴即将来临。日军飞机突然轰炸华岩寺，引起寺内警觉，怀空大师怀疑日军目标是《贝叶金经》，令弟子赵云龙和智青严加防范。戴笠到访华岩寺，传达了蒋介石欲在观音诞日举行“护国息灾大法会”的意向。一天深夜，赵云龙和智青抓获一名试图偷取《贝叶金经》的贼，审问后将其释放，但贼刚出山门便被黑衣人杀死。各方势力在华岩寺展开明争暗斗，一场围绕《贝叶金经》的谍战就此展开。