《名侦探柯南》讲述高中生侦探工藤新一因目睹黑衣组织的秘密交易，被灌下神秘毒药APTX4869后身体缩小为小学生，化名江户川柯南继续追查真相的故事。为隐藏身份，他寄住在青梅竹马毛利兰家中，协助她父亲——糊涂侦探毛利小五郎破案。凭借过人才智，柯南通过麻醉枪和变声器帮助小五郎成为"沉睡的名侦探"，同时暗中调查黑衣组织。在帝丹小学结识少年侦探团，与天才科学家阿笠博士、关西名侦探服部平次等人共同破解无数悬案，逐渐接近组织核心。随着剧情发展，黑衣组织成员贝尔摩德、琴酒等陆续现身，而神秘少女灰原哀的出现更揭开药物背后的秘密。故事在紧张的主线推进与日常案件交织中，展现柯南守护重要之人与追寻正义的决心。