《思想问题》讲述了1949年解放后的上海，一群知识分子进入华东人民革命大学接受思想改造的故事。小组长李振威带领着形形色色的组员：原国民党连长胡彪、小公务员于志让、追求时髦的袁美霞、地主儿子王长生、受美式教育的周正华以及特务何祥瑞。面对组内复杂的思想状况，李振威急于求成却屡屡受挫。通过大扫除等劳动实践，大多数人逐渐转变思想，唯有周正华仍持抵触态度。在班主任老赵的耐心引导下，周正华最终认识到劳动的价值。随着学习的深入，组员们纷纷进步：刘静等人加入共青团，胡彪交出暗藏手枪，何祥瑞坦白罪行，周正华也彻底悔悟。三个月后，这群背负旧思想的知识分子在革命熔炉中脱胎换骨，有的报名南下服务团，有的投身土改工作，共同迈向新的人生。