《名侦探柯南 江户川柯南失踪事件 史上最糟糕的两天》讲述了柯南在一次意外中失踪的故事。阿笠博士家的洗浴设备坏了，柯南、小兰和小哀一同前往浴池。然而，柯南在浴池不慎滑倒并晕了过去。两名陌生男子自称愿意带柯南去医院，将他带上了车。这两人实际上是为了完成一项隐秘任务而来，其中一人是传说中的杀手近藤，另一人则是面相凶恶、纹有纹身的男子龙。他们认为柯南可能无意中听到了他们的计划，决定将他带到一处偏僻的地方处理掉。在接下来的两天里，柯南必须凭借自己的智慧和勇气，设法逃脱并揭露这两人的阴谋。与此同时，小兰和小哀也开始焦急地寻找柯南的下落。柯南在与杀手周旋的过程中，不仅展示了他过人的推理能力，还巧妙地利用身边的小道具化险为夷。最终，柯南成功脱险，并将这两名杀手绳之以法，结束了这场惊险的失踪事件。