铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。他斥巨资制造了巨型飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德在东京到大阪的6小时内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人也受邀登上飞船，电视台人员也前来报道。随着时间推移，柯南与基德的对决悄然展开。与此同时，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前，该组织袭击了国立东京微生物研究所，盗走了一种致命病毒。飞船上的局势逐渐紧张，柯南必须在有限的时间内揭开真相，阻止病毒的传播，并与基德展开智勇对决，确保所有人的安全。