《绀碧之棺》是《名侦探柯南》系列的第11部剧场版。故事发生在太平洋上的美丽小岛“神海岛”，岛上流传着关于海底古代遗迹“海底宫殿”以及300年前两名女海盗遗留宝藏的传说。柯南、小五郎等人来到岛上度假，意外遇见一群寻找宝物的猎人。小兰和园子在“海底宫殿”附近潜水时，遭遇猎人们的骚扰，其中一名猎人突然被鲨鱼攻击身亡。柯南和灰原对此感到蹊跷，开始调查此事。他们发现猎人之死与宝藏传说密切相关，并找到了一组神秘名词“Jolly Roger（海盗旗）”。然而，猎人突然现身，夺走了原本发现的宝藏，并将小兰和园子挟持，威胁她们的性命。柯南必须在解开“海底宫殿”谜题的同时，揭开300年前的暗号，拯救同伴并揭开真相。