在《新世纪福音战士剧场版：Air/真心为你》中，SEELE发动了对NERV总部的全面进攻，试图夺取人类补完计划的主导权。碇真嗣因长期压抑的精神崩溃而陷入自闭，拒绝驾驶初号机。明日香在经历自我怀疑后重新觉醒，独自驾驶二号机迎战量产型EVA，最终壮烈牺牲。与此同时，绫波丽背叛了碇元渡，选择将补完计划的控制权交给真嗣。当所有人类灵魂被强制融合时，真嗣在精神世界中直面自己的内心阴暗，最终做出拒绝补完的决定。随着初号机冲出LCL之海，地球上仅剩真嗣和明日香成为新的人类始祖，而真嗣在掐住明日香脖子时突然停手，暗示着人类关系重建的可能性。