21世纪，地球恢复了和平，但一颗坠落的陨石带来了人工时空囊。TPC的GUTS小队从中得知地球将面临巨大灾难。预言中的怪兽哥路渣和米路巴相继出现，小队根据线索寻找隐藏在金字塔中的三位巨人。当他们找到金字塔时，两大怪兽也尾随而至。尽管GUTS奋力保护，但三座石像仍被摧毁两座。队员大伍的战机被击中，危急时刻他化作光芒与最后一座石像融合，光之巨人迪迦奥特曼就此复活，与怪兽展开激战。与此同时，一个崇拜奥特曼的男孩小勉意外获得能实现愿望的红色玻璃球，不同人的愿望揭示了他们内心的善恶。两个看似无关的事件，最终交织成一场跨越时空的决战。