在21世纪的地球，和平再次降临。然而一颗坠落的陨石带来了人工时空囊，地球和平联盟TPC的GUTS小队从中得知地球即将面临巨大灾难。时空囊预言的两大怪兽哥路渣和米路巴相继出现，GUTS小队根据线索寻找隐藏在金字塔中的三位巨人。当他们终于找到金字塔时，两大怪兽也紧随而至。尽管队员们奋力守护，三座巨像仍被摧毁得只剩一座。队员大伍的战机被击中，逃生装置失效。危急时刻，大伍化作光芒与最后一座石像融合，光之巨人迪迦奥特曼就此复活，与怪兽展开激战。与此同时，一个崇拜奥特曼的男孩小勉意外获得能实现愿望的红色玻璃球，这个神奇道具将不同人的愿望与内心善恶展现无遗。