《皮皮鲁安全特工队第三季》延续前作冒险风格，讲述皮皮鲁带领特工队与反派红蓝鼻子在魔方市展开激烈对抗。本季中，红蓝鼻子利用人类负面情绪制造混乱，将贪婪、嫉妒等负能量转化为实体武器攻击市民。特工队成员们发挥各自专长：皮皮鲁运用升级版"超线发射器"切断能量传输，鲁西西以智慧破解反派陷阱，其他队员则分别负责救援和保护工作。随着战斗升级，红蓝鼻子首领意外吸收过量负能量，变异成巨型怪物。最终特工队通过团结协作，用正能量净化装置化解危机，让魔方市恢复和平。本季通过惊险刺激的冒险故事，传递了积极面对负面情绪的正能量价值观。