《生化危机：恶化》的故事发生在美国中西部城市哈弗威尔的机场。克莱尔·雷德菲尔德如今是非政府组织的成员，致力于救济受生化武器侵害的受害者。当她抵达机场时，意外目睹丧尸的出现，机场迅速陷入恐慌。一名警员被咬伤后，感染迅速蔓延，乘客和员工纷纷变成丧尸。一架飞离机场的客机坠毁，乘客和机组人员也全部变为丧尸。T病毒，曾由保护伞公司开发的恐怖病毒，再次出现并落入恐怖分子手中，他们意图以此要挟美国政府。白宫派遣特工里昂作为特别指挥官，协助政府军队应对危机。里昂与当地特种部队合作，再度与克莱尔相遇，两人共同击退丧尸，营救幸存者。随着事件的发展，他们逐渐察觉到背后隐藏着更大的阴谋。