《超班宝宝》讲述了心童从小缺乏母亲照顾，由父亲天际独自抚养长大。表面上他们是模范父女，但实际上彼此缺乏沟通。一天，心童遇到了从实验室逃出来的思哲，他从小吃基因改造食物“超级宝宝”长大，智商远超同龄儿童，但这种食物也会导致燥狂症。思哲的出现让心童和他一起偷偷潜入“超级宝宝”总部，发现了总裁Chole的阴谋——她明知基因改造食品有副作用，却为了赚钱置之不理。心童将此事告知天际，父女俩决心揭露真相，避免更多儿童受害。在调查过程中，三人互相扶持，思哲被心童父女的爱心打动，逐渐变得主动。同时，思哲也让心童父女反思彼此的关系，打开了心扉。