《女巡按》講述了唐朝武則天時期，女官謝瑤環因破獲宮中奇案而受到武則天賞識，被任命為巡按，前往關中徹查兩任欽差被殺案。她與女官朱月仙、唐敏以及將軍秦明一同西行，途中危機四伏。謝瑤環憑藉女性獨特的視角，成功破獲多樁奇案。然而，太平公主在關中遊玩時被神秘美男魚郎吸引，卻被當地豪強囚禁，引發朝野震動。謝瑤環在調查中發現，關鍵證人歌女彩蝶竟是她失散多年的妹妹。案件牽扯出前朝宮闱懸案，而關鍵證人魚郎自殺，留下謎團。謝瑤環面對龐大的惡勢力，險些被害，但最終憑藉智勇破獲關中大案，揭開真相。沙家幫主竟是女兒身，與魚郎是一對苦命鴛鴦。案件告破後，謝瑤環卻陷入情與法的兩難，為妹妹的承諾忍痛割捨與大俠連庭飛的戀情，陷入道義與責任的泥淖。