在桐生戰兔創造的新世界中，人們失去了與假面騎士及Sky Wall相關的記憶，和平地生活著。戰兔與搭檔萬丈龍我記錄著舊世界的故事，並靠販賣戰兔的發明維生。某天，龍我遇見了擁有假面騎士CrossZ記憶的神秘少女馬渕由衣。由衣指責龍我在舊世界拋棄她，導致她成為人體實驗的受害者。與此同時，自稱“Killbas”的神秘外星生命體從白色潘多拉嵌板中出現，襲擊戰兔與龍我。Killbas是Evolto的兄長，曾是Blood族的王，擁有壓倒性的力量。在危急時刻，Evolto突然出現保護了龍我。Killbas企圖利用潘多拉盒子的力量毀滅宇宙，而龍我與Evolto組成了奇妙的搭檔，共同對抗Killbas的威脅。隨著潘多拉盒子的力量，昔日同伴們逐漸恢復記憶，聚集在龍我身邊。龍我能否拯救宇宙與由衣？Evolto的真正目的又是什麼？故事將揭開這一切謎團。