三千万年前，超古代文明时期的地球上，光之巨人与黑暗巨人爆发内战。原本作为黑暗战士的迪迦被幽怜感化，选择成为守护人类的光之战士。当奇杰拉花朵盛开时，人类沉迷于花粉制造的幻象，主动放弃了巨人的保护。遵循不干涉人类选择的原则，迪迦将战斗躯体封印在金字塔中，化作光芒离开地球。现代，怪兽哥尔赞和美尔巴的出现打破了平静，金字塔中的巨人石像被毁，继承了超古代战士基因的大古队员化作光芒，使迪迦奥特曼复苏。作为GUTS队员与迪迦人间体，大古开始与各类怪兽及企图复活黑暗支配者的邪恶势力战斗，同时逐步揭开超古代文明灭亡的真相。