在东京某个位于西国立市的神社内，有三名可疑的男子正在密谋。突然，一个戴着假面具的黑影男人出现，用日本刀和弓箭在瞬间将他们杀害。与此同时，大阪和京都也相继发生了类似的杀人事件。警方调查后发现，被杀害的五人都是出没于东京、大阪、京都三地，专门偷窃著名佛像及艺术品的盗窃集团“源氏萤”的成员。这个集团以日本传统艺术品为目标，作案手法高超。柯南和平次联手展开调查，发现这些案件背后隐藏着一个关于古代宝藏的秘密。随着调查的深入，他们逐渐揭开了“源氏萤”的真实面目，并发现凶手的目标不仅仅是复仇，而是为了寻找传说中的宝藏。在京都的古寺和迷宫中，柯南与平次与凶手展开了一场惊心动魄的追逐战，最终揭开了事件的真相。