《名侦探柯南剧场版 水平线上的阴谋》的故事以15年前的北大西洋上一件海难为序幕。这宗海难是由一艘在深夜浓雾中航行的货轮引起的。由于未能及时发现航道上的巨大冰山，货轮猛烈撞上冰山，导致引擎室受到重创，整艘船也在不久后彻底沉没。虽然大多数船员顺利获救，但船长与一名船员不幸罹难。15年后的东京，大财团的著名设计师在驾车时遭遇意外身亡，这起事件引发了连环谋杀案。柯南与毛利小五郎受邀调查一起豪华游轮上的谋杀案，逐渐揭开了15年前海难与当前事件的关联。随着调查的深入，柯南发现这一切背后隐藏着一个精心策划的复仇阴谋，而凶手的目标正是游轮上的某些关键人物。最终，柯南在游轮上展开了一场惊心动魄的推理对决，成功揭穿了凶手的真面目，阻止了更大的悲剧发生。