《名侦探柯南剧场版 瞳孔中的暗杀者》讲述了东京警视厅接连发生警察被杀害的案件。柯南在街头目睹一名警察在雨中被人射杀，虽试图追踪凶手，但凶手逃脱。死者临终前紧抓左胸，似乎在暗示什么。随后，柯南从目暮警官处得知，死者紧抓左胸的动作暗示那里藏有警察手册。不久后，又有一名警察在地下停车场被人射杀，手中同样握着警察手册。警方怀疑凶手是针对警察的连环杀手。与此同时，小兰因目睹案件而受到刺激，失去了记忆。柯南为了保护小兰，决定深入调查，寻找凶手的线索。随着调查的深入，柯南逐渐揭开了凶手的真实身份和作案动机，最终成功阻止了更多的悲剧发生，并帮助小兰恢复了记忆。