一天，宇宙开发中心的上空出现了来历不明的宇宙飞船，一名神秘女子现身，随后中心遭到两只怪兽的袭击。高斯奥特曼及时出现与怪兽战斗，但怪兽异常强大，高斯几乎不敌。关键时刻，春野武藏挺身而出，与高斯融为一体，使其力量大增。就在怪兽即将被击败时，另一位奥特曼杰斯提斯突然出现，阻止高斯保护地球，并导致高斯和武藏被怪兽击败。神秘女子的真实目的是维持宇宙秩序，计划消灭地球上所有生物。地球各国试图自救，但高斯和武藏的死亡似乎预示了地球的毁灭。然而，武藏的亲人和队友坚信他们并未死去，四处奔走寻找奇迹，希望拯救地球。