在不久之前，市内发生了连环杀人事件，遇害人每一个都是音乐家，而且他们均出身于著名钢琴家领衔创建的一所音乐学院。江户川柯南、毛利小五郎、毛利兰、少年侦探团等一行人，收到了一位著名钢琴家的邀请，出席由他出资建造的音乐厅的落成典礼音乐会。该音乐会最大的亮点是巴赫弹奏过的管风琴、世界著名的斯特拉迪瓦里琴的音色。然而，随着音乐会的临近，柯南发现这些案件与音乐厅有着千丝万缕的联系。在调查过程中，柯南利用绝对音感破解了隐藏在乐谱中的密码，逐渐揭开了凶手的真实身份和动机。最终，在音乐厅的舞台上，柯南与凶手展开了一场惊心动魄的对决，成功阻止了悲剧的再次发生。