在风之街“风都”，左翔太郎与搭档菲利普以及所长鸣海亚树子共同经营着一家侦探事务所。表面上风都是一座和平的城市，然而背后却隐藏着神秘组织“园咲家”，他们在地下流通着一种名为“盖亚记忆体”的危险物品，普通人使用后会变成名为“Dopant”的怪物，引发一系列离奇事件。翔太郎和菲利普为了维护城市的和平，使用六根“盖亚记忆体”合体变身成假面骑士双骑，与园咲家族展开激烈的对抗。随着战斗的深入，园咲家族的真正目的逐渐浮出水面，而菲利普神秘的过去也成为了解开谜题的关键。假面骑士双骑的战斗就此拉开帷幕，风都的命运将何去何从？