1997年，超级电脑炼金之星预测到地球将遭到破坏招来体的毁灭性攻击。为应对危机，人类成立全球防御组织GUARD，其下属战斗部队XIG负责保卫地球。2000年，天才少年高山我梦在实验中遇见神秘的红色光之巨人。当破坏招来体首次入侵时，XIG无力抵抗，危急关头我梦与巨人合为一体，化身为盖亚奥特曼击败敌人。此后我梦正式加入XIG，与盖亚并肩作战。然而前炼金之星成员藤宫博也获得蓝色巨人阿古茹的力量，认为人类才是地球的威胁。两位奥特曼因理念冲突而对立，同时还要共同面对根源性灭亡招来体的持续进攻，展开了一场关乎地球命运的终极之战。