《欧布奥特曼 原生之初》讲述的是浪客凯和伽古拉斯·伽古拉的故事。凯和伽古拉生活在同一颗星球，他们曾是并肩作战的伙伴。在历经磨难登上勇士之巅后，凯意外被选为欧布奥特曼，而他们的首次任务是拯救王立行星伽农。伽农上有一棵参天大树“生命之树”，这颗行星的女王不希望星球上发生战争，因为“生命之树”一旦被破坏，星球上的人将失去保护。女王最终决定化身为战神，凯为了拯救伽农，一路上遇到了许多人和奥特战士，逐渐领悟到成为奥特战士的使命。另一方面，伽古拉砍断了生命之树，导致地球上的生命之树种子开始发芽，故事舞台因此转向地球。