《探灵档案》讲述了“盲点神探”陈博涵的故事，他是互联网上小有名气的职业私家侦探，擅长侦破一些看似怪异、违背科学常理的案件，逐渐成为灵异领域的头号神探。陈博涵始终以缜密的逻辑推理和科学依据向客户解释谜底，并将案件记录在电脑档案中，称为“探灵档案”。他坚信世界上唯一的鬼魂存在于人的心中。然而，随着案件增多，真正的灵异事件接踵而至，陈博涵的科学信念逐渐被打破。故事从女孩刘欣媛找到陈博涵开始，她和朋友们夜探传闻中的凶地港湾广场后，声称看到了鬼影，请求陈博涵帮助摆脱恐怖的威胁。随后，火锅店老板阿城等人也卷入了一系列诡异事件中，陈博涵不得不直面超自然的力量，重新审视自己的信念。