高中生侦探工藤新一收到世界知名建筑家森谷教授的晚会邀请，与毛利兰和毛利小五郎一同前往。然而，晚会当晚发生了塑料炸弹失窃案件，一名自称凶手的男子打电话预告将在东京多处放置炸弹。柯南与新一联手展开调查，试图阻止炸弹爆炸。凶手不断发出新的预告，并质问为何工藤新一未现身。柯南通过推理，发现凶手的目标是森谷教授设计的建筑，并最终锁定炸弹的位置。在紧张的对决中，柯南成功拆除炸弹，拯救了无数生命，同时揭开了凶手与森谷教授之间的恩怨。案件结束后，柯南继续以孩童的身份生活，暗中追查黑衣组织的下落，期待有朝一日恢复原状。