《魔法禁书目录 第一季》讲述了一个名为上条当麻的少年，生活在以先进科学为主导的学院都市。这座城市通过科学技术创造了超能力者，而上条当麻拥有一种特殊能力——“幻想杀手”，可以消除任何超自然现象。某天，他在自家阳台发现了一名自称“茵蒂克丝”的少女，她因体内藏有十万三千本魔导书而被魔法师追杀。为了保护茵蒂克丝，上条当麻卷入了一场科学与魔法交织的纷争。他不仅要对抗强大的魔法师，还要面对学院都市内部的阴谋与危险。随着故事发展，上条当麻逐渐揭开了隐藏在科学与魔法背后的真相，并结识了更多伙伴，共同面对接踵而至的挑战。