《异星诡梦 第二季》延续了四位青少年的超自然冒险。西娅、雨果、山姆和梅根在失去预知未来的能力后，决定潜入军事基地寻找线索。他们意外触发了合并石头的能量波动，遭到军方追捕。逃亡途中，神秘石头再次分裂为四块，但每块都蕴含着未知的新能力。随着亚当·古特尼亚克饰演的反派科学家介入，四人发现这些石头竟与外星文明有关。他们在森林深处发现古老飞船残骸，逐渐揭开政府隐瞒多年的外星接触真相。与此同时，每位成员都开始出现诡异的基因变异征兆，团队内部也因能力差异产生裂痕。当军方包围圈逐渐收紧，他们必须在拯救彼此与保护人类未来之间做出抉择。