《翼·年代记 剧场版 鸟笼国的公主》讲述了少年小狼与青梅竹马的小樱公主的故事。小狼跟随养父藤隆在玖楼国进行考古研究，试图解开翼形遗迹的秘密。然而，在一次遗迹的异动中，小樱的记忆化作了羽毛，飞散到不同的次元世界。为了拯救小樱，小狼在神官雪兔的指引下，前往“次元魔女”壹原侑子处寻求帮助。侑子要求小狼以他与小樱的“关系性”作为代价，换取能够穿越次元的莫歌拿。与此同时，魔法师法伊和武士黑钢也来到侑子处，各自为了逃避或回到故地而付出代价。小狼带着小樱，与黑钢、法伊一同踏上穿越次元的旅程，寻找散落的羽毛，努力恢复小樱的记忆。