在喧嚣繁忙的国际大都会东京，男男女女都在匆匆行走，他们为了理想、爱情和生计全速奔忙，不曾停下脚。等到午夜十二点，人们才拖着疲惫的身体和步伐，来到了隐藏在新宿小巷中的那间深夜食堂。永远和善寡言的老板有着一成不变的营业方针，营业时间从午夜十二点到次日七点，菜单简简单单就那几样，但是顾客可以随意点单，只要是老板会做的，他都愿意为顾客烹饪。在这一季的故事中，除了老朋友们，深夜食堂新的顾客有为爱而歌的女歌手，艰难追逐理想的新人漫画家，带着对人性的思考而努力工作的侦探，性格爽朗不羁的大阪女孩，以及选择爱与体谅的同窗好友。这些个性鲜明的角色，在午夜十分倾诉着自己的故事。他们或肆意欢笑或悲伤哭泣，借着美食的香气和酒精的作用，那些被深埋心底的百味情怀得以抒发。