《Little Busters! Refrain》延续前作剧情，讲述直枝理树与伙伴们在"Little Busters"社团的成长故事。当恭介提议组建棒球队后，理树开始招募新成员，与来谷唯湖等新朋友相遇。随着剧情推进，看似平凡的校园日常逐渐显露出异常——世界开始出现不合常理的崩坏现象。理树与青梅竹马枣铃逐渐发现这个世界的真相，原来一切都是恭介为帮助他们面对现实而创造的"修行"。最终众人必须直面童年那场致命车祸带来的创伤，在虚幻与现实的夹缝中，学会坚强与告别。作品以温柔而深刻的方式，探讨了友情、成长与生死课题。