《超·假面骑士电王与帝骑 剧场版 新世代鬼岛的战舰》讲述了假面骑士与超级战队联手对抗邪恶势力的故事。当假面骑士Decade意外成为邪恶组织“大修卡”的首领，并联合“大残虐”向超级战队宣战时，世界陷入危机。为了查明真相，假面骑士Fourze和GoBusters乘坐DenLiner穿越时空回到过去。他们发现这一切与传说中的“鬼令”有关——一块能赋予持有者强大力量的石头。在19世纪80年代，一位名叫佑的少年卷入这场纷争，他与伙伴们必须阻止鬼族复活，并解开“大机器计划”的阴谋。最终，骑士与战队联手击败敌人，守护了世界的和平。