《机动战士高达SEED DESTINY HD REMASTER》讲述了在C.E.71年，地球联合军与扎夫特之间的战争持续升级，中立国家奥布联合酋长国被卷入战火。少年真飞鸟在战争中失去了家人，唯一的遗物是妹妹的手机。被救后，他加入了扎夫特军，驾驶新型高达“命运”投身战场。与此同时，前代主角基拉·大和与阿斯兰·萨拉也再次被卷入战争，双方在不同立场上展开激烈对抗。随着战争的深入，真飞鸟逐渐发现自己被操纵的真相，并在与基拉等人的对决中寻找自我与和平的意义。故事展现了战争对人性的摧残，以及少年们在战火中成长的历程。