《清凌凌的水蓝莹莹的天 第二部》讲述了上水村村主任钱大宝（潘长江饰）与同父异母的弟弟钱二宝（姜超饰）之间的故事。钱大宝作为村主任，致力于村子的发展，而钱二宝则经营一家企业。一次偶然事件导致兄弟感情出现裂痕。钱大宝邀请全村参加女儿多多的毕业宴会，不料全体食物中毒，经调查发现与二宝企业的排污有关。此事引发一系列矛盾，新任乡长陶晓蕙（原华饰）对大宝处理事件的结果不满，认为他偏袒二宝。二宝因生产合同压力，偷偷撕毁合同重新开工。大宝为了村民的安全，不惜以兄弟跳井相威胁，逼迫二宝关闭工厂。从此，兄弟二人形同陌路，情感陷入冰点。故事通过兄弟之间的矛盾，展现了农村发展中的环保问题与人情冷暖。