21世纪，地球恢复了昔日的和平，然而一颗陨石从天而降，带来了一个神秘的时空囊。地球和平联盟TPC的GUTS小队通过时空囊得知，地球即将面临巨大的灾难。与此同时，时空囊预言的两大怪兽“哥路渣”和“米路巴”相继出现，GUTS小队根据预言开始寻找隐藏在金字塔中的三大巨人石像。
经过一番努力，GUTS队员们终于找到了金字塔，但两大怪兽也随之而来。尽管GUTS小队拼死守护，三个巨像还是被破坏得只剩下一个。队员大伍的战机也被击中，逃生装置失灵。在危急时刻，大伍突然化作一道光，与最后一个石像结合，复活了光之巨人“迪迦”。迪迦奥特曼与两大怪兽展开了激烈的战斗，最终成功守护了地球的和平。