雨果和父亲大山生活在一个普通的小村庄里，但她曾去过一个不为人知的神奇之地——神秘世界。这是一个与人类世界平行的空间，普通人进入后三天会变成动物。传说，这个世界由神创造，每年有99只动物被选为族民，族长啦啦是雨果最好的朋友。雨果从小没见过妈妈，大山告诉她妈妈常年在外科考。一天，雨果发现写给妈妈的信被大山藏了起来，追问下得知妈妈也曾发现神秘世界。为寻找妈妈，雨果和大山再次前往神秘世界。雨果的到来带来了惊喜，她与朋友们重逢，啦啦的法术进步神速，熊大叔暗恋上了原住民首领兰。正当大家沉浸在喜悦中，一只疯癫的企鹅出现，警告神秘世界即将毁灭，因为一只恶龙闯入了神的领地……