《新世纪福音战士剧场版：Q》是EVA新剧场版四部曲的第三部，故事承接前作《破》的结局。14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒引发了近三冲击，导致世界陷入前所未有的巨变。葛城美里等NERV旧部成员出走，成立了反抗SEELE和NERV的组织Wille。Wille授命明日香和真里夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣，但严令禁止真嗣登上初号机。真嗣苏醒后发现自己身处一个陌生的世界，周围充满了敌意和误解。他试图理解发生了什么，并寻找自己的位置。与此同时，SEELE和NERV的秘密计划仍在继续，碇元渡的“人类补完计划”逐渐浮出水面。真嗣在各方力量的夹缝中挣扎，试图找到属于自己的答案，而世界的命运也因他的选择而走向未知的方向。