《无敌小飞猪》讲述了小女孩凌菲的故事。她是一个略带“公主病”的小千金，暑假被父母送到一个古怪的训练营。在那里，她认识了电脑神童艾丁，两人很快成为好朋友。一天夜里，凌菲散步时遇到一只从天而降的小飞猪，觉得它可爱便带回宿舍。从此，小飞猪陪伴她参加训练营的各种活动。后来，小飞猪闯入教授古拉法的实验室，发现教授其实是活了上千年的魔法老师，守护着开启魔法时空门的使命。与此同时，外星虫子潜入训练营，企图偷走时空法器。凌菲等人决定帮助教授夺回法器，最终在小飞猪的帮助下成功挫败了外星生物的计划。教授没有用暴力对付外星虫子，而是开启时空之门送它们回家。经过这次经历，训练营的孩子们都得到了成长与启迪，小飞猪也完成了它的“天使任务”，最后化作一道光消失在天际。